一、出口退税涉及的相关部门主要包括：

1.海关部门：负责审核企业出口货物的报关单，确保货物真实、准确地出口，并签章确认。

2.税务部门：负责审核企业的出口退税申请，对申请材料进行真实性、合法性审核，并审批退税款项。

3.外汇管理部门：负责对企业的收汇情况进行监管，核查企业是否已收汇，并签章确认。

4.银行部门：负责协助企业办理外汇核销、退税款项划拨等业务，确保资金安全、及时地划转。

5.商检部门：负责对出口货物进行质量检验，确保货物符合相关标准和规定。

6.出口信用保险公司：为企业提供出口信用保险服务，保障企业的出口收汇安全。

7.贸易促进会等相关机构：协助企业办理出口退税业务，提供相关政策和业务咨询等服务。

这些部门在出口退税过程中相互协作、相互配合，共同完成出口退税的全过程。企业在办理出口退税业务时，需要与这些部门进行沟通和协调，确保各项手续和资料的真实性和准确性。同时，企业也应当遵守相关法律法规和政策规定，确保出口退税业务的合法、合规。

二、以下是各部门之间协调工作的方式：

1.建立协作机制：各部门之间应当建立协作机制，明确各自的职责和任务，加强信息共享和沟通，确保出口退税工作的顺利进行。

2.税务部门牵头：税务部门在出口退税过程中起着牵头的作用，负责审核企业的出口退税申请，协调其他部门的工作。税务部门应当及时向其他部门传达相关信息和要求，确保各部门之间的协作顺畅。

3.海关、外汇管理部门协助：海关和外汇管理部门应当协助税务部门的工作，对企业的出口货物报关单和收汇情况进行审核和监管。这两个部门应当在审核过程中加强沟通，确保信息的准确性和一致性。

4.银行划拨资金：银行应当根据税务部门的审批结果，协助企业划拨退税款项。银行应当确保资金的安全、及时划转，并协助企业解决在资金划拨过程中遇到的问题。

5.商检部门提供支持：商检部门应当对出口货物进行质量检验，并提供相关检验报告和证明文件。这些文件对于企业申请出口退税非常重要，因此商检部门应当及时、准确地为企业提供检验服务。

6.贸易促进会等相关机构提供咨询和服务：贸易促进会等相关机构应当为企业提供出口退税政策和流程的咨询和服务，帮助企业了解相关政策和要求，提高出口退税的效率和质量。

7.加强信息共享和沟通：各部门之间应当加强信息共享和沟通，及时传递相关信息和要求，确保出口退税工作的顺利进行。同时，各部门还应当加强对企业的指导和帮助，提高企业的出口退税意识和能力。

在出口退税过程中，各部门之间的协调工作非常重要。只有各部门之间加强协作、沟通顺畅、信息共享及时，才能确保出口退税工作的顺利进行，提高企业的出口效益。